Está localizada no município de Patrocínio Paulista, estado de São Paulo, a 20 km da cidade de Franca, na região de Alta Mogiana. Nilton Messias de Almeida Junior, juiz aposentado que agora é advogado e sempre amou o campo e o café, comprou a fazenda em 1994 e ela tem prosperado desde então.

Nilton é a segunda geração da família no negócio e está diretamente envolvido no cultivo de café desde os 17 anos, quando já acompanhava o agrônomo da fazenda no campo. Nilton impulsionou o crescimento da produção e comercialização da fazenda com profissionalismo e esforços constantes para alcançar a mais alta qualidade, implementando padrões rigorosos de colheita e pós-colheita.

O nome São Francisco deriva de várias experiências de vida de Nilton. Primeiro, o nome de seu pai é Francisco; segundo, ele nasceu perto das margens do rio São Francisco; terceiro, ele se formou em Direito pela Universidade de São Francisco; e, por último, a família é devota a São Francisco de Assis.

Graças à sua localização privilegiada na topografia típica da Alta Mogiana, a fazenda se destaca pela qualidade de suas práticas de produção, que priorizam a sustentabilidade socioambiental. Os cafés produzidos na Fazenda de Café São Francisco possuem certificação UTZ. A Fazenda de Café São Francisco integra um seleto grupo de fazendas pertencentes à Associação de Cafés Especiais da Alta Mogiana. A fazenda possui aproximadamente 500 hectares no total, com cerca de 230 hectares plantados com café.

A fazenda possui seu próprio armazém e instalações de processamento. O processamento natural na Fazenda São Francisco começa com a organização cuidadosa da propriedade e o registro de informações por parcela, data de plantio, variedade, data da colheita e quantidade. As cerejas são colhidas mecanicamente e manualmente. Após a colheita, as cerejas passam por uma lavadora para separar as menos densas das verdes e destinar apenas as cerejas maduras para lotes selecionados.